O Instituto Terramar se organiza a partir de um desenho institucional, no qual, as equipes de trabalho são coordenadas a partir das seguintes instancias de gestão:
1. Coordenação Colegiada (formada por quatro pessoas responsáveis pelos principais processos decisórios da Instituição – uma pessoa por atribuição)
- Coordenação de relações institucionais
- Coordenação de planejamento, monitoramento e avaliação
- Coordenação de formação e produção de conhecimento
- Coordenação do Administrativo Financeiro
2. Programas Temáticos (cada programa possui uma coordenação responsável pelas ações respectivas as suas temáticas)
- Direito à Terra, à Água e ao Território
- Desenvolvimento Solidário
- Democratização da Participação Política
- Setor Administrativo Financeiro
- Núcleo de Comunicação
3. Projetos e Processos (a depender da complexidade das ações, os projetos e alguns processos possuem uma coordenação que está submetida à coordenação de programas)
- Grupos de Trabalho
- Projetos